Обучение на базе МГГУ предусматривает посещение учащимися 11-х классов занятий 2 дня в неделю. Расписание занятий составляется деканатом отделения «Школа-вуз» по согласованию с администрациями школ-партнеров. Учебный план предусматривает изучение математики в объеме 6 часов в неделю, физики 5 часов в неделю. Занятия по информатике проводятся в объеме 2 часа в неделю.
Занятия на Отделение «школа-вуз» проводятся как правило в первой половине дня. при изучении математики и физике используются учебно-методические материалы, разработанные преподавателями МГГУ, а также учебниками и учебные пособия других авторов.
Программа обучения на Отделении «Школа-вуз» рассчитана на 2 года (10-й и 11-й классы) и позволяет помимо школьного курса математики и физике рассмотреть со слушателями более широкий спектр задач, методов их решения. Качество занятий контролируется с помощью единых контрольных работ, а также для контроля успеваемости применяются компьютерные технологии. Обучение на Отделение «Школа-вуз» позлило нашим слушателям в 2008 году показать более высокие результаты при сдаче ЕГЭ по математике.
Учащиеся 9-х и 10-х классов могут обучаться в течение года в группах, формируемых в сентябре-октябре. Начало обучения на Отделение «школа-вуз» с 10-го класса позволяет равномерно распределить учебный материал на 2 года обучения. Для 10-классников занятия проводятся либо один раз в неделю, либо два раза в неделю. Режим обучения выбирается учащимися индивидуально. Программа предусматривает изучение математики в объеме 4 часа, физики – 3 часа.
В январе-феврале для учащихся 1—х классов проводится диагностическая контрольная работа по математике и физике.
Для учащихся 9-х классов организуются группы по изучению математики. Занятия проводятся по субботам в первой или второй половине дня. Программа рассчитана на изучение математики в объеме 4 часа в неделю. Обучение в 11-х классах бесплатно, в 9-х и 10-х классах платное (дополнительная образовательная услуга).